Η διαδικασία εμβρυομεταφοράς κρυοσυντηρημένων εμβρύων περιλαμβάνει την προετοιμασία του ενδομητρίου και την απόψυξη των εμβρύων, το «ξύπνημά» τους δηλαδή. Εφόσον τα έμβρυα αποψυχθούν με επιτυχία και δείξουν σημάδια βιωσιμότητας, ο κατάλληλος αριθμός εμβρύων θα μεταφερθεί τελικά στη μήτρα.

Το ενδομήτριο προετοιμάζεται αρχικά με διέγερση με οιστρογόνα από το στόμα (Cyclacur - λευκά μόνο χάπια) και λίγες ημέρες πριν την εμβρυομεταφορά η υποδεκτικότητά του διαμορφώνεται με τη χρήση προγεστερόνης κολπικά, από το ορθό ή από το στόμα.

Η διαδικασία της εμβρυομεταφοράς είναι η ίδια όπως και στον κύκλο εξωσωματικής, ενώ μετά την εμβρυομεταφορά η γυναίκα θα χρησιμοποιήσει φάρμακα αντίστοιχα με αυτά στην εμβρυομεταφορά των «φρέσκων» εμβρύων και θα κάνει εξέταση β-hCG αίματος σε 2 εβδομάδες.